Eine (nach aktuellen Hypothesen durch EBV-infizierte B-Zellen verursachte) Fehlregulation im Immunsystem führt zur Reaktion gegen die Umhüllung von Nervenzellen (Markscheiden, Myelin) im zentralen Nervensystem (Gehirn u. Rückenmark). Es kommt zu lokalen Entzündungsreaktionen mit anschließender Vernarbung (Sklerose). Auf diese Art werden an den unterschiedlichsten Stellen im zentralen Nervensystem Nervenzellen geschädigt und ihre Funktion gestört. Dies führt zu zahlreichen individuell unterschiedlichen Ausfällen der Nervenfunktionen („tausend Gesichter“). Die Entzündungsreaktionen verlaufen meist schubweise.